Pro sekce PK holštýnského skotu jsou rezervována čísla 1 – 99. Pro sekce českého strakatého skotu pak čísla 100 – 199. Pro sekce jerseyského skotu jsou používána čísla 200 – 299 a pro normandský skot 300 – 399. Pořadové (registrační) číslo stáje je na rozdíl od obvyklého čísla stáje neopakovatelné a je pětimístné. To znamená, že ukončí-li některá stáj svoji evidenci v PK, není její pořadové číslo použito pro žádnou jinou stáj a obnoví-li uvedená stáj svoji evidenci v rejstříku chovů, obdrží nové pořadové číslo. Pod pojmem číslo stáje zde uvažujeme úplné devítimístné číslo stáje.
Pokud dojde k přečíslování stáje, musí být takováto stáj znovu registrována i v rejstříku chovů pod novým pořadovým číslem, takové stáji je přiděleno programem nejbližší volné nové registrační číslo.
Totéž číslo stáje může být znovu registrováno v rejstříku chovů jen tehdy, pokud je u dosavadní registrace stáje proveden záznam o tom, že tato registrace již není využívána. V rejstříku však zůstanou i již nevyužívané registrace zachovány.
Pokud má tentýž chovatel registrováno v rejstříku chovů více stájí, má každá stáj přiděleno svoje vlastní registrační číslo. Toto registrační číslo již nebude nikdy znovu použito ani v případě, že totéž číslo stáje je znovu používáno (např. u jiného chovatele).
Program provádějící registraci stájí požaduje číslo sekce, ve které má být stáj zaregistrována, dále požaduje číslo právě registrované stáje, program sám přiděluje chovům registrační čísla. Před provedením registrace ověří, že totéž číslo stáje není ani v žádné jiné sekci registrováno s dosud platnou registrací. Kromě toho program ověří na jmenovce chovů, že stáj je zapojena do KU prováděné metodou A.
Jednou měsíčně je programem prohlédnut rejstřík chovů a pro všechny žijící krávy evidované v chovech nově registrovaných v rejstříku za uplynulé období je proveden pokus o zápis do příslušné PK.
V průběhu pravidelného zpracování dat KU se provádí pokus o zápis krávy do PK pro každou krávu, která dosud není do PK zapsána a je právě přesunuta do stáje zapsané v rejstříku chovů v PK. Při opravě původu krávy zapsané do PK je vždy současně opakovaně kontrolován a podle potřeby opravován oddíl PK, do kterého je kráva zapsána. Při opravě původu krávy do PK dosud nezapsané, ale registrované v chovu zapsaném v PK je rovněž prováděn pokus o zápis krávy do PK po opravě jejího původu (plemena apod.). U krav nově do KU zařazených se rozhoduje o jejich zápise do PK v okamžiku zařazení do KU.
Nově narozená telata jsou zapisována do plemenného registru jen pokud splňují podmínky:
narození ve stáji evidované v rejstříku chovů
matka je zapsaná v PK
narozené tele splňuje podmínky kladené na jeho plemennou příslušnost
Nově zapsaným kravám do PK není jejich potomstvo do plemenného registru zpětně zapisováno!
Do PK může být zapsána každá kráva evidovaná ve stáji zapsané do rejstříku chovů a splňující podmínky na plemennou příslušnost a znalost původu krávy.
C1 … Podíl krve C krávy (jalovice) je 87% a více, další zúčastněná plemena mohou být pouze A a R.
C2 …Podíl krve C je 75 – 86% a další zúčastněná plemena jsou jen A a R přičemž se připouští nejvýše 12,5% podílu krve jiných plemen, včetně plemene X (např. neznámý OMM)
C3 …Podíl krve C je alespoň 37%. Podíl ostatních dojených plemen není omezen.
| Zápis do oddílu PCA | Pouze krávy plemene C1 se známým O, M, OM, MM. Otec a OM musejí být zapsáni v hlavním oddíle tohoto plemene v ČR nebo v zahraničí. Matka a MM musejí být zapsáni v hlavním nebo v přípravném oddíle tohoto plemene. |
| Zápis do oddílu PCB | Krávy plemene C1, C2 se známým O i M, oba rodiče musejí být zapsáni do PK tohoto plemene. |
| Zápis do oddílu PCC | Do oddílu PCC se zapíší zvířata plemen C1, C2, C3 nezapsaná do oddílu A ani B, pokud je otec zvířete zapsán do PK tohoto plemene. Do tohoto oddílu se rovněž zapisují ta zvířata, která byla v době odchovu prodána mimo hospodářství svého majitele a nebylo jim vystaveno Osvědčení o původu. |
| Zápis do oddílu PHA | Krávy (jalovice) plemene H1 se známým O, M, OM, MM. Všichni tito předci musejí být zapsáni do PK stejného plemene v ČR nebo v zahraničí. U červeného holštýnského plemene je přípustný zápis matky matky i v plemenné knize jiného plemene. |
| Zápis do oddílu PHB | Plemenná příslušnost H2, známý O, M, OM, MM. Všichni tito předci musejí být zapsáni do PK stejného plemene. U červeného holštýnského plemene je přípustný zápis matky a matky matky v plemenné knize jiného plemene. |
| Zápis do oddílu PHC | Plemenná příslušnost H1, H2, H3, známý alespoň O a M, a to se zápisem do této plemenné knihy. U červeného holštýnského plemene je přípustný zápis matky do PK jiného plemene. |
| Zápis do oddílu PHD |
Plemenná příslušnost H1, H2, H3, H4. Bez ohledu na známý původ. U plemene H4 se vyžaduje známý otec. Do oddílu PHD se rovněž zapisují ta zvířata, která byla v době odchovu prodána mimo hospodářství svého majitele a nebylo jim vystaveno Osvědčení o původu. |
Pokud byla kráva počítačem do PK automaticky zapsána, ale chovatel si její zápis nepřeje, je možné tento zápis zrušit změnou 66 na HZOP. Naopak lze ručně vyžadovat zápis do PK ohlášením změny 77, v takovém případě počítač opakovaně kontroluje splnění podmínek pro zápis do PK.